Trong thế kỷ 22, trái đất đã bị tàn phá sau cuộc chiến tranh hạt nhân, nơi mà loài người đang phải đối mặt với nguy cơ tuyệt chủng. Trái đất trở nên hoang tàn và bị che phủ bởi những bức tường cao vô tận để bảo vệ con người cuối cùng còn sót lại. Trong thành phố Neo-Tokyo, nơi được biết đến là lánh địa cuối cùng của nhân loại, tự do và hòa bình không còn tồn tại. Hana, một cô gái trẻ mồ côi, sống trong cô đơn và tuyệt vọng giữa một thế giới tan hoang. Hana nghe nói về một truyền thuyết về Samurai of the Desert, một người anh hùng huyền thoại có khả năng đánh bại bất kỳ kẻ thù nào. Điều kỳ diệu xảy ra khi Hana phát hiện ra rằng cô chính là người được chọn để trở thành Samurai of the Desert. Với khí chất mạnh mẽ và kiếm Samurai thượng cổ, Hana bắt đầu hành trình của mình để chiến đấu chống lại quái vật và kẻ thù đe dọa sự tồn tại của nhân loại. Hana Samurai No Sahara là câu chuyện về sức mạnh, lòng can đảm và hy vọng trong bối cảnh tận thế, nơi mà chỉ có Samurai of the Desert mới có thể cứu lấy loài người khỏi bờ vực tuyệt vong.