Mở đầu câu truyện, cậu học sinh trung học 16 tuổi Shinichi Kudo bị biến thành cậu bé Conan Edogawa. Shinichi trong phần đầu của Thám tử lừng danh Conan được miêu tả là một thám tử học đường. Trong một lần đi chơi công viên "Miền Nhiệt đới" với cô bạn từ thuở nhỏ (cũng là bạn gái) Ran Mori , cậu bị dính vào vụ án một hành khách trên Chuyến tàu tốc hành trong công viên, Kishida , bị giết trong một vụ án cắt đầu rùng rợn. Cậu đã làm sáng tỏ vụ án và trên đường về nhà, chứng kiến một vụ làm ăn mờ ám của những người đàn ông mặc toàn đồ đen. Kudo bị phát hiện, bị đánh ngất sau đó những người đàn ông áo đen đã cho cậu uống một thứ thuốc độc chưa qua thử nghiệm là Apotoxin-4869 (APTX4869) với mục đích thủ tiêu cậu. Tuy nhiên chất độc đã không giết chết Kudo. Khi tỉnh lại, cậu bàng hoàng nhận thấy thân thể mình đã bị teo nhỏ trong hình dạng của một cậu học sinh tiểu học.

Vào thời kỳ đầu của game thực tế ảo đã xuất hiện một nhân vật bất bại. Tuy nhiên, anh ta đột nhiên biến mất mà không ai rõ lý do. Giờ đây, anh ta đã quay lại sau một thời gian vắng bóng.

Một ngày nọ, những vị Thần tới từ thế giới khác, những Ngoại Giới Chi Thần bao gồm “Tuyệt Vọng Vươn Tới Tận Trời Xanh”, “Sự U Ám Mắc Kẹt Lại Trong Đầm Lầy”, “Kẻ Không Thể Được Sinh Ra”, “Tai Ương Ngu Xuẩn” bỗng dưng xuất hiện. Chỉ cần nhìn vào chúng thôi cũng là đủ để những con người bình thường mất đi mạng sống của mình rồi... Sau hàng năm trời chiến đấu, những vị thần sống sót cuối cùng đã đi tới một kết luận. “Một kẻ Nội Giới không bao giờ có thể đánh bại một kẻ Ngoại Giới.” Trong lúc đó, Chronos, một thực thể thần thánh có thể thao túng thời gian, đã hi sinh bản thân để quay ngược Dòng Thời Gian, cho toàn thể sinh mệnh Nội Giới một cơ hội nữa. Kim YuWon - nhân loại mang niềm hi vọng của các vị thần đã được chọn để quay về quá khứ. “Một kẻ Nội giới không bao giờ có thể đánh bại một kẻ Ngoại giới à? nhưng kể cả có là vậy thì ta nhất định vẫn sẽ chiến thắng!"

Mook Hyang, Giáo chủ Nghịch Thánh Giáo và là một Bất Bại Chân Ma, đã bị kẻ thù (thuộc Huyết Ma Phái) đẩy sang một thế giới khác. Đây là câu chuyện về một thế giới kỳ bí, huyền ảo của yêu tinh, pháp sư, hiệp sĩ, và rồng; đồng thời cũng là chuyến hành trình tìm đường quay trở lại thế giới (Murim) cũ của Mook Hyang.