Taichi Yagami - 1 cậu học sinh bình thường ,có nuôi 1 con Digimon ảo và đặt tên nó là Zero . Khi tham gia cuộc thi giữa các Digimon ảo thì máy tính không nhận diện được Digimon của cậu . Loay hoay sửa máy và cậu bị hút vào thế giới Digimon và cậu gặp Zero bằng xương bằng thịt . Cậu được gọi đến để trở thành vị cứu tinh ,chống lại cái ác ,bảo vệ thế giới Digimon . Lý do cậu được chọn trong hàng trăm đứa trẻ khác là vì Zero của cậu là "độc nhất" - ko ai từng thấy hay biết tới Digimon này - Zero là 1 Digimon bí ẩn . Trong suốt cuộc hành trình ,dần dần cậu khám phá ra : Zero là 1 Digimon rất mạnh và "độc nhất" là vì..

10.000 năm trước, một digimon độc ác và tàn bạo đã bị đánh bại và bị niêm phong bởi Holy Knights, digimon dũng mãnh chính là "Digi Core". Vài năm sau,  một  loại virus kì lạ đã xâm nhập vào thế giới digimon, và chỉ chừa lại một số digimon sỡ hữu D-Antibody mà thôi. Và chỉ còn một số thành viên của Holy Knights sống sót là Omega dũng mãnh ( Omnimon X ), Duke dũng cảm ( MedievalGallantmon/Gallantmon X ) và Magna huyền diệu ( Magnamon ).