Truyện tranh "Free! dj - Himitsu no Shower Room" xoay quanh câu chuyện tại một trường trung học nơi có một nhóm các cô gái và học sinh nam đều là một đội bơi lội xuất sắc. Trong trường học, có một phòng tắm riêng được gọi là "Himitsu no Shower Room" nơi mà các thành viên trong đội thường sử dụng sau khi tập luyện. Trong một ngày nọ, hai cô gái của đội bơi nữ, Akari và Mai, bắt đầu phát hiện những bí mật đằng sau phòng tắm này. Họ phát hiện ra rằng vào mỗi buổi tập cuối tuần, một cô gái bí ẩn luôn xuất hiện và chờ đợi đội bơi nam. Cô gái này không bao giờ lộ diện và chỉ ngắm nhìn từ xa, tạo ra sự bí ẩn và hấp dẫn cho mọi người. Akari và Mai quyết định khám phá thêm về cô gái bí ẩn này và ý định của cô ấy. Dần dần, họ khám phá ra rằng cô gái bí ẩn chính là một học sinh nữ mới chuyển đến trường, Yuki. Yuki thực sự là một người rất kỳ lạ và ít nói, nhưng cô ấy lại có một tài năng đặc biệt trong việc vẽ tranh và thiên tài về bơi lội. Mối quan hệ giữa Yuki, Akari và Mai dần trở nên phức tạp hơn khi họ phải đối diện với những khám phá và cảm xúc mới lạ về tình bạn và tình yêu. Truyện tranh "Free! dj - Himitsu no Shower Room" là một câu chuyện về tình bạn, tình yêu và bí mật được kể qua góc nhìn của những cô gái trẻ tuổi trong đội bơi trường trung học.