Truyện tranh Neko Neko Honey là câu chuyện về cuộc gặp gỡ đầy bất ngờ giữa hai chàng trai trẻ, Haru và Ren, tại trường trung học Cat's Paw. Haru là một học sinh năm nhất đam mê việc chăm sóc các con mèo và luôn mang theo hộp đựng thức ăn để nuôi những chú mèo bị bỏ rơi. Trong khi đó, Ren là một học sinh năm hai lạnh lùng và khó gần, luôn giữ khoảng cách với mọi người xung quanh. Một ngày nọ, Haru tình cờ gặp được Ren đang cố gắng giấu một chú mèo con trong túi áo, từ đó mối quan hệ giữa họ bắt đầu phát triển. Haru quyết định giúp đỡ Ren chăm sóc chú mèo con đó và dần dần hai người trở nên thân thiết hơn. Tình cảm giữa họ càng ngày càng phát triển, nhưng liệu Ren sẽ vượt qua được quá khứ đen tối để chấp nhận tình yêu của Haru hay không? Neko Neko Honey là câu chuyện về sự gần gũi, hiểu biết và tình yêu giữa hai tâm hồn trẻ tuổi trong một môi trường học đường đầy thách thức.