Mở đầu câu truyện, cậu học sinh trung học 16 tuổi Shinichi Kudo bị biến thành cậu bé Conan Edogawa. Shinichi trong phần đầu của Thám tử lừng danh Conan được miêu tả là một thám tử học đường. Trong một lần đi chơi công viên "Miền Nhiệt đới" với cô bạn từ thuở nhỏ (cũng là bạn gái) Ran Mori , cậu bị dính vào vụ án một hành khách trên Chuyến tàu tốc hành trong công viên, Kishida , bị giết trong một vụ án cắt đầu rùng rợn. Cậu đã làm sáng tỏ vụ án và trên đường về nhà, chứng kiến một vụ làm ăn mờ ám của những người đàn ông mặc toàn đồ đen. Kudo bị phát hiện, bị đánh ngất sau đó những người đàn ông áo đen đã cho cậu uống một thứ thuốc độc chưa qua thử nghiệm là Apotoxin-4869 (APTX4869) với mục đích thủ tiêu cậu. Tuy nhiên chất độc đã không giết chết Kudo. Khi tỉnh lại, cậu bàng hoàng nhận thấy thân thể mình đã bị teo nhỏ trong hình dạng của một cậu học sinh tiểu học.

Là một tội phạm bị cả thế giới truy nã, Kaitõ thực ra chính là một ảo thuật gia đại tài nổi tiếng trên toàn thế giới, Kuroba Tōichi (黒羽 盗一). Tám năm trước khi câu chuyện bắt đầu, Toichi được một băng nhóm tộI phạm thuê (AKA: Tổ chức Áo đen) để tìm và đánh cắp một viên kim cương đặc biệt và có ma lực. Viên kim cương này, có tên là "Pandora Gem" được tiết lộ là có “nước mắt” chứa bên trong, khi soi nó trước ánh trăng, sẽ có ma lực xuất hiện. Sau khi phát hiện ra điều đó Toichi quyết định sẽ không giao lại viên đá đó, anh mang nó trở lại. Băng nhóm thuê anh đã ám sát anh trong một buổi biểu diễn ảo thuật, và bố trí cho cái chết của anh chỉ là một tai nạn.